哈利·波特在霍格沃茨魔法学校学习一年之后，暑假开始了。他在姨父姨妈家熬过痛苦的假期。正当他准备打点行装去学校时，小精灵多比前来发出警告：如果哈利返回霍格沃茨，灾难将会临头。
但哈利义无返顾地回到了霍格沃茨，新来的吉罗德·洛哈特教授装腔作势，让他作呕；游荡在女生舆洗室里的幽灵“哭泣的桃金娘”搅得他不得安宁；低年级的小女生金妮对他投来关切目光常令他尴尬不已；小男生科林·克里维“追星”式的跟踪又经常使他落荒而逃。
但是，这一切仅仅是灾难的序曲。正如多比所预言的，哈利遭受了重重磨难，经历了种种危险，难解之谜又使他煞费苦心：霍格沃茨的学生接二连三地变成了石头。这一切是品德败坏的学生德拉科·马尔福精心策划的杰作？还是忠厚善良的海格无心铸成的大错？或者另有人将在霍格沃茨制造更大的阴谋？这一切又是否与传说中的密室有关？哈利决心揭开谜底……